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물리화학실험 2012 년 04 월 10 일
Computational Chemistry
요약: z-matrix짜는 법과 리눅스와Gaussian Program의 사용법을 숙지하고 이 두 프로그램을 사용하여 주어진 분자들에 대한 Optimized Geometry, Energy 등을 계산하며 반응물, 생성물, 전이상태의 최적화된 구조를 확인하고, single point energy, vibrational frequency, potential energy surface를 계산하였다.
1. 소개
계산화학 분야의 초기 시도는 1950년대에 Charles Coulson 교수와 Bill Moffat 박사가 계산기를 이용하여 질소 분자를 계산한 일로써, 유감스럽게도 이 야심찬 시도는 불과 몇 달간의 노력으로 끝이 났는데 이유는 Coulson과 Moffat이 당시의 계산기를 이용하여 계산을 마무리하려면 20년이 걸린다고 판단했기 때문이었다. 계산화학이 발전하게 된 것은 분자 현상을 기술할 수 있는 복잡한 수학적 모델을 테스트하거나 적용할 수 있는 방법이 없었기 때문이었다고 할 수 있다. 기계를 이용하여 복잡하여 풀기 어려운 식들의 해답을 얻을 수 있었고 이것이 바로 양자화학에서의 새로운 시대의 출발점이 되었다. 계산 능력은 1960년대에 들어 널리 보급되었고 많은 수치적 모델이나 알고리즘들이 세계 곳곳의 대학 연구소에서 발전하여 양자화학은 독특한 현상을 설명하는데 적용되었고 새로운 알고리즘도 개발되었다. 계산 능력이 향상될수록 더욱더 실제적인 것을 묘사하기 위해 수식이 변형되었다. 일반적으로 양자화학 계산은 정확한 것으로 인식되었으나 계산 시간 면에서 비용이 많이 들었다. Force field이론을 이용한 분자역학방법과 분자궤도함수론은 상호 보완적으로 화학현상을 설명할 수 있게 되었고, 과학자들은 단백질과 같은 크고 복잡한 분자의 3차원 구조를 결정할 수 있는 수단을 제시하였다. 1970년대에는 계산화학의 분자 모델링이 기존의 것보다 훨씬 발전하게 되었고 정교한 분자의 그래픽을 통해 화학물질 설계와 컴퓨터를 이용한 약물 설계 등이 가능해졌으며 분자 모델링의 산업적 적용 또한 빠르게 확산되었다. 계산화학과 분자 모델링에 많은 관심이 집중되자 출판사와 학회들은 그 공적을 인정하기 시작하여 새로운 저널이 80년대 초에 등장하였고 현재는 거의 모든 저널에 계산화학을 이용한 연구 논문이 게재되고 있다. 이러한 폭넓은 관심의 산물로서 1998년 DFT를 발전시킨 Kohn과 Gaussian 프로그램을 개발하고 계산화학…(생략)
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