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위상차현미경은 기본적으로 bright-field system의 연장선상에 있는 것이다. 다만 두가지 주요한 광학적 변화가 bright-field microscope를 위상차 현미경으로 전환시킨다. 그 첫째로, 위상차현미경의 콘덴서에는 고리 모양의 광학적 투명영역(translu-cent area)과 불투명판(opaqus plate)으로 구성된 phase annulus가 있다. phase annulus는 bright-field microscope의 광도조절기(iris diaphragm)를 대신한다. 둘째로 phase contrast objective의 back focal plane은 광학적으로 투명한 phase plate를 갖고 있다. 표본에 의해 회절된 빛은 전체 대물렌즈의 구경을 가로질러 퍼져나간다. 이때 회절되지 않은 빛은 표본 위로 발산해서 역삼각뿔 모양으로 대물렌즈 내로 들어간다. 이 회절되지 않은 빛은 phase plate의 annular region을 통과해 나간다. 표본에 의해 회절된 빛은 주로 annulus 바깥의 phase plate부분을 통해 이 동한다. 이런 방식의 회전된 빛은 회절되지 않은 빛에 비해 위상이 지체된다.
위상차현미경에서 회절된 광선과 회절되지 않은 광선이 상을 이루기 위해 재결합 될 때의 간섭현상에 의해 대조가 발생한다. 보통의 생물표본에 의해 회절되는 빛은 회절되지 않는 빛의 파장에 비해 ¼ (λ/4) 정도로 상이 저해된다. 이러한 상황에 서 약한 강도의 회절된 빛과 회절되지 않은 강한 강도의 빛 사이의 간섭은 다른 조작 없이는 강도의 큰 변화가 일어나지 않을 것이다. 간섭에 의한 최대의 대조는 ½ 파장 (λ/2)간에 발생하며, 이 두 파동의 진폭은 비슷한 수준이 된다. 그러므로 회절된 빛과 회절되지 않은 빛을 구분하면서 phase-contrast optical component들 은 회절되지 않은 빛에 비해 λ/4 증가된 회절된 빛의 위상을 저지시킨다. 이들은 또한 회절되지 않은 빛의 강도를 감소시켜서 회절된 빛과 회절되지 않은 빛 간의 λ/2 위상차를 만들 뿐 아니라, 또한 유사한 강도를 갖도록 하며, 이것은 최대한의 상쇄간섭을 일으킨다. 표본을 지나면서 검은색에서 흰색까지의 대조가 발생하는데, background, 즉 회절되지 않은 빛과 관련하여 광경로 길이에 근거해서 발생한다. 위상차현미경의 사용은 살아있는 세포소기관들을 검경하는데 매우 유용하다. 게다가 이 contrastgenerating system에 의해 기관과 세포구조의 변화를 연구할 수 있다.
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